Esimesed kirikukunsti teosed annetati Eesti Kunstimuuseumi kogudesse 1920. aastatel, kuid lõviosa teostest on jõudnud muuseumisse Teise maailmasõja järel. 1984. aastal avatud Niguliste muuseum tegutseb sõjajärgsete purustuste järel taastatud Niguliste kirikus.
Niguliste kogu keskmeks on hiliskeskaegsed altariretaablid ja puuskulptuurid. Kollektsiooni üheks uhkuseks on Lübecki meistri Hermen Rode töökojas valminud ja 1481. aastal Tallinnasse jõudnud kahe tiivapaariga Niguliste kiriku peaaltari retaabel. Tegemist on ühe kõige paremini säilinud ja suurima hiliskeskaegse Põhja-Saksa kappaltariga kogu maailmas. Samuti kuulub kogusse kolm Madalmaade päritolu retaablit – Brügge meistri Adriaen Isenbrandti töökoja Kannatusaltar(Michel Sittowi hilisemate ülemaalingutega), Lucia legendi meistrile omistatud Tallinna Mustpeade vennaskonna Maarja altari retaabel ning Brüsseli Püha Hõimkonna kappaltar. Neile lisanduvad erinevatest Eesti kirikutest pärinevad kappaltarid ja pühakuskulptuurid. Kõige tuntumaks muuseumis olevaks teoseks on Bernt Notke töökojast pärinev “Surmatants” 15. sajandi lõpul valminud maalist on tänaseni alles 7,5 meetri pikkune algustükk.
Niguliste kogusse kuuluvad ka varauusaegsed, peamiselt 16. –17. sajandist pärinevad epitaafid ja vappepitaafid . Omaette kollektsioonid loovad 16.–18. sajandi seina- ja kroonlühtrid. Neist kõige vanemaks ja haruldasemaks on ligi nelja meetri kõrgune messingist põrandalühter. See Lübecki valukojas valminud seitsmeharuline lühter annetati Niguliste kirikule 1519. aastal. Niguliste muuseumis on välja pandud ka üle saja hauaplaadi ja nende fragmendi. 14.–17. sajandi hauaplaadid pärinevad põhiosas Niguliste kirikust.
